يقوم قسم جراحة قلب الأطفال في المركز بإجراء جميع عمليات معالجة
التشوهات الخلقية بالقلب لدى الأطفال وحديثي الولادة بما فيها العمليات
المرحلية المساعدة والتصحيحية النهائية وتحول إليه جميع حالات وزارة الصحة
التي تحتاج لتدخل جراحي في المنطقة. هذا ويعتبر القسم رائداً في هذا المجال
ويصنف من أفضل مراكز القلب في المملكة.
وقد تم خلال عام 2016 إجراء ما مجموعه مائتين وأربعة ) 204 ( عملية جراحية، كانت ثمانون ) 80 ( منها عمليات قلب مفتوح، أي ما نسبته 39.2 % .